Bu sorun genellikle silmek istediğiniz klasörün içerisinde gizli dosyalar olmasından kaynaklanır. Bu problemi giderebilmek için kullanmış olduğunuz FTP istemcisindeki ayarlarda gizli dosyaları göstermesini belirtmeniz gerekmektedir. 

Bu işlemi Filezilla ve CuteFTP için aşağıdaki adımları takip ederek yapabilirsiniz;

FileZilla için;
Edit menüsünden Settings menüsüne girdikten sonra açılan pencerede Remote File List sekmesine geçilir.
Burada Always show hidden files seçeneği işaretli konuma getirildikten sonra OK butonuna basılır.

FTP sunucunuza yeniden bağlandığınızda artık gizli dosyaları görebilir ve silebilirsiniz.

CuteFTP için; 
Sol üstte bulunan Site Manager butonuna tıklandıktan sonra açılan pencerede kaydedilmiş olan FTP hesabının üzerine tıklanır.
Sağ tuş ile yardımcı menü açılır ve buradan Site Properties menüsüne girilir. Actions tabına geçilerek Filter adlı butona basılır.
Server Side Filtering başlığı altında bulunan Enable server side filtering kutucuğu işaretlenir ve Remote Filter kısmının karşısında bulunan kutuya -La yazılır.

OK butununa basıp Connect butonuna basarak yeniden bağlandığınızda artık gizli dosyaları görebilir ve silebilirsiniz.